微生物叢：NIHヒト微生物叢プロジェクト – PMC
人間微生物群集：「隠れた臓器」としての微生物の世界と健康への影響 序文：微生物叢という概念の定義と歴史的発展 人体を単一の有機体としてではなく、数百万もの微生物と複雑なを形成しながら暮らす多細胞の存在として捉えたとき、その真の姿はよりよく理解できる。この微細な環は、人間のゲノムのおよそ十倍の遺伝子を保持し、その生化学的活動によって私たちの健康に深く影響を与えると呼称される。微生物叢という用語は、特定の環境に存在するすべての微生物集団を指し、対照的にこれらの微生物の遺伝子物質の全体はという概念で表現される。 歴史的に、微生物群集と人間の関係は、アントニ・ヴァン・レーウェンフックが17世紀に自身の口腔内で観察した生きた生物以来追跡することができる。ただし、微生物群系の体系的・ゲノムレベルでの研究が始まったのは、ここ30年ほどのことである。この分野における転換点は、テクノロジーの発展であった。特に16S rRNA遺伝子のアンプリコン・シーケンシングおよびメタゲノム的アプローチのおかげで、培養が難しい多数の細菌種の同定が可能となった。 アメリカ国立衛生研究所（NIH）の（Human Microbiome Project – HMP）は、この研究分野の制度化において重要な役割を果たした。このプロジェクトの基本的な目標は、少なくとも250人の「健康」なボランティアから複数の部位でサンプルを採取して人間ミクロミクロコムを特徴づけること、微生物群集の変化と健康・疾患との関係を明らかにすること、そして科学コミュニティに標準化されたデータリソースを提供することとして要約できる。このプロジェクトは、微生物群集研究がもはや個々の研究室での研究から（community resource）という科学分野へと転換したことの証左である。 微生物群落の構成と生物多様性のメカニズム 土壌、腸、皮膚の生態系における分化 人間の微小生態系は、体の部位ごとに顕著に異なる生態系から構成されています。各部位は、酸素濃度、pH、栄養素の利用可能性など、独自の物理化学的条件を備えているため、選択的圧力のもとで固有の細菌集団が発達します。 腸内マイクロエコシステム：FirmicutesBacteroidetes…
