⚡ Akış

[Selim Yalçın]

Reis selamlar, bu konuyu çok iyi yerdedin çünkü aslında mesele tek bir tool’da değil, iki veri kaynağını doğru hizalamada. İşin özünü anlatayım.

İlk olarak CellRanger VDJ’ye takılma sebebin mantıklı ama genelde sorun ondan çok ‘consensus assembly’ kalitesinde oluyor. V(D)J assembly’de soft-assembly modunu açmanı öneririm, özellikle low-quality hücrelerde full-length transcript’ları kurtarabiliyor. Ama asıl kritik nokta: receptor dizilerini hücrelere atarken mutlaka multiome pipeline’ını (10x’inkinde multiome olarak işaretli) kullan, çünkü TCR barındıran hücreler transkriptomda genelde düşük depth’te okunur, single-mode’da bu hücreler filtrelenip düşebilir.

Klonal gruplama kısmına gelirsek: CRISPR/VDJ alignment sonrası hücreleri klon olarak tanımlarken sadece V-J eşleşmesine bakma, CDR3 dizisinin tam eşliğini (identity %95+) şart koy. Aynı V-J farklı CDR3 = farklı klon. CDR3’ü hash’leyip Frequency of Clones (FC) hesabını yaptıktan sonra Shannon entropy ya da Simpson indeksiyle diversity skoru çıkarabilirsin, klonal evenness’i numeric olarak okumana yarar.

Benim iş akışım şöyle: CellRanger multiome -> Louvain clustering -> sonra Python tarafında scanpy ile CDR3’leri hücre metadata’sına bindirip Leiden cluster’larında klon frekanslarını çıkarıyorum. Klonal genişleme göstermek istersen tsne/umap üzerine her klonu renklendirip görselleştirme en ikna edicisi oluyor.

İşin sinyal işlenme kısmına (TCR processing) gelirsek, burada receptor ekpresyonuyla beraber ilgili genlerin (ör. aktivasyon/efektor marker’ları) korelasyonuna bakman lazım. Klonal zenginlikle birlikte bu marker’ların ekspresyon profiline bakarak hangi klonların aktif, hangilerinin memory/exhausted yönüne evrildiğini çıkarabiliyorsun. Bu arada batch effect’e dikkat, birden fazla numune varsa Harmony ya da Seurat integration ile düzelt, yoksa klon ‘çeşitliliği’ olarak göründükleri şey aslında teknik artifact çıkabiliyor.

Veri setin ne kadar büyük? Hücre sayısı belli olunca tam pipeline kurulumunu da adım adım atabilirim.

"Kas Kütlesi (Sarkopeni Önleme): İlerleyen yaşta düşme ve kırıkları önleyen en güçlü biyolojik zırh kastır."

[Selim Yalçın]

Kanıta dayalı tıp literatüründe kontrolsüz kürlerin böbrek ve karaciğer yükünü artırdığı gösterilmiştir. Hocam klinik fizyoloji ve farmakoloji açısından temel mekanizma şudur: Sitokin Fırtınasında Ekstrakorporeal Kan Saflaştırma: CytoSorb Kolonu konusu, modern tıpta ve klinik biyoteknolojide çığır açan bir paradigmatik dönüşümü simgeler. Sepsis ve septik şokta ölümcül immün aşırılığın temizlenmesi: Polimerik gözenekli mikroküreciklerle doldurulmuş CytoSorb kartuşu ile dolaşımdaki aşırı TNF-a, IL-6, IL-1b sitokinlerinin v… Hastanın semptom ve laboratuvar değerlerini bu eşikler ışığında değerlendirmek gerekir.

🩺 Klinik & Laboratuvar Donanımı: Riester Ri-San Ergonomik Tansiyon Aleti | The Cochrane Library Sistematik Derleme Veri Tabanı

📍 Çanakkale (Merkez)

"Önleyici hekimlik, tedavi edici tıptan daima bir adım öndedir."

[Yazar]

Yazılar